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가톨릭대학교 대전성모병원 소화기내과는 상 · 하부 위장관 분과, 췌담도 분과, 간 분과로 세분화 및 전문화되어 세계적 수준의 소화기질환 진료서비스를 제공한다. 협진시스템을 운영해 신속한 대응이 가능하며, 염증성 장질환(크론병, 궤양성대장염) 치료를 위한 클리닉을 운영하고 있다. 특히 소화기내시경센터는 위 또는 대장내시경을 체계적으로 관리하고, 치료내시경 분야에서 오랜 경험과 노하우로 대한소화기내시경학회와 대한소화기내시경 연구재단에서 실시한 인증평가에서 ‘우수 내시경실’로 인증 받았다. 또한 점막하 종양의 정확한 진단을 위해 최신 기종의 초음파내시경을 갖추고 있다.