갑상선암의 치료는 수술이 기본이다. 여포암, 유두암, 수질암 등에 따라 수술 방법은 약간 다르나 기본은 원 발암이 있는 갑상선과 주위로 퍼진 암병소를 완전하게 절제하는 것이다. 고위험군인 경우에는 반대쪽 갑상선까지 같이 제거한다. 여기서 고위험군이라고 하는 것은 △국소 또는 원격전이가 있을 때 △반대편엽에 악성이 의심되는 결절이 있을 때 △두경부에 방사선 조사를 받은 경력이 있을 때 △가족력이 있을 때이다.
수술적 치료의 방법으로는 목 앞쪽을 절개해서 시행하는 절개법과 내시경 기기를 이용해 시행하는 내시경 수술이 있다. 절제술은 목 앞쪽으로 흉터가 남아 미용상 좋지 않고 특히 켈로이드 체질의 경우 수술 후 심한 흉터로 인해 스트레스를 받을 수 있어 고위험군에 해당되는 경우 시행되고 있다. 본원에서는 겨드랑이를 통한 내시경 수술로 통증을 최소화하고, 모든 수술과정이 절개와 동일하게 이루어지기 때문에 목에 흉터가 남지 않는다는 장점이 있다. 단점으로는 입원기간이 1, 2일 정도 길어질 수 있으며 팔을 많이 사용하는 직업의 경우에는 회복기간 동안 제한을 두어야 할 수도 있다. 내시경 수술 후 암이 전이된다는 말이 있는데 그것은 내시경 수술을 시행하면서 암 조직이 부서져 꺼내는 동안 남아 있다가 전이되는 경우로 매우 드물다. 이것을 예방하기 위해서 암 조직을 주머니로 감싸서 주위에 남기지 않고 한꺼번에 꺼내는 방법을 쓰고 있다.
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